关于成本的纷争，中国煤炭运销协会一人士透露，目前正在开工建设或者正准备上马的一些“煤变油”项目，其成本核算值得怀疑。据了解，目前国内煤炭的市场价已经达到500元/吨以上(一般为570元/吨)，而有关企业在启动‘煤变油’项目的时候，可行性方案中的效益一项是按照煤炭 90元/吨来计算的。在云南先锋煤变油项目可行性研究报告中，原料煤的成本甚至只有81.9元/吨。
中国煤炭运销协会的这位人士说：“时至今日，煤炭价格已经比90元/吨涨了3倍以上。以目前的市场煤‘变’出来的油，是否有竞争力值得怀疑。”持相同观点的另外一个重磅级人物是中国工程院院士李大东。他说：“当前煤炭液化(即煤变油)的投入产出比是，仅从设备来讲，生产1万吨油就需要1亿元的投资，而沿海炼油厂扩建的投入产出比是每增产100万吨油投资不能超过10个亿，也就是说，每1万吨的投入是1000万元。两笔账一算，煤炭液化投资过巨，没有利润可言。”
事实也许能证明这一点。国家在“十五”规划中，就已经明确要在陕西神东(即神华项目)、云南先锋、黑龙江依兰建设3个“示范性的国家煤变油项目”。但直到现在，5年多过去了，仅有“神华项目”被批准开工。据知情人士透露，审批困难的原因很多，其中不排除国家对成本的考虑。
而在技术人员看来，成本根本不是问题。早在一年多前，“煤变油”的积极鼓动者——中国科学院山西煤化所所长孙予罕就宣称：从煤炭价格、人工成本和使用国产化设备等因素考虑，中国“煤变油”技术每桶汽柴油的成本可以控制在20美元左右。按照他的这一“控制理论”，仅云南先锋煤变油项目(100万吨/年)建成后，年均利润就能达到10亿元以上，8年左右就能全部收回投资。该项目原料煤成本为81.9元/吨，水为0.175元/吨。
另据了解，对于煤炭的成本，虽然目前煤炭的市场价在500元/吨，但主要涨价在运输和流通环节，煤炭坑口价格涨幅很小，并且各地差别较大，如山西煤炭达到200元/吨，而内蒙煤炭坑口价仅90元/吨。2005年11月1日，煤炭科学研究总院北京化工研究分院院长杜铭华接受本报通讯员采访时也表示：“煤变油”不是成本问题。据杜铭华介绍，“煤变油”必不可少的催化剂技术已经北京煤化院进行了更新改善，目前“神华项目”所用的催化剂就是该所的研究成果。这种催化剂每吨只需要二三十元，而在国外，这样的催化剂每吨需要160元左右。“这可以大大降低煤变油的成本”。 “目前，3吨～5吨煤可以液化1吨油。液化油每桶大约25美元左右。这个价格与当前石油价格相比，效益已经相当可观。”杜说。但杜也坦言，这一成本核算大致是按照原料煤90元/吨来核算的。他解释，目前煤炭的坑口价跟几年前基本上没有什么变化。
中科院山西煤化所研究员、国家煤转化重点实验室副主任兼首席专家李永旺也表示：“一旦百万吨的装置投入运行，就会产生规模效益，大大降低生产成本。”
据知情人士透露，企业在说服有关部门时，都无一例外地谈到通过规模生产来降低成本。而据神华集团副总经理张玉卓介绍，当前的“煤变油”技术，还有成本削减的空间。张玉卓介绍，“神华项目”生产线示范投产成功后，将在上海建设煤炭直接液化PDU装置(日加工煤炭6吨，2004年7月投产)，开展有针对性的系统攻关，采取一系列的优化设计，降低投资，进一步优化溶剂体系，降低能耗，提高产品的技术含量和附加值，以改进煤炭直接液化技术的经济性，为今后其它煤变油项目铺平道路。
